雖然開啟HT在大部分多線程應用中有明顯的性能提升，但是有關HT會降低CPU性能的論據也不少，早前Bitsum就發文聲稱HT技術會「傷害」CPU性能，其論據主要是微軟支持庫的文章，在Windows 2003 Server優化指南中微軟建議禁用超線程技術以提高性能，因為這種可以自我調整的HT算法會帶來一些混亂，操作系統的調度器（Scheduler）往往不能識別物理核心和虛擬核心的區別，可能把本該物理核心處理的任務分配給虛擬核心。
SA網站針對這個論點做了測試，對比了i7-3770K在開啟HT與關閉HT下的成績，結果如下：
大部分情況下關閉HT的性能都要低於開啟HT的情況，結果也與我們做過的CPU測試相同，平均下來關閉HT時的性能只有HT開啟時的90%。
SA作出的結論是否定HT技術的想法是杞人憂天，大部分情況下超線程技術帶來的是性能提升而不是降低，而且優勢還很明顯，何樂而不為。
事情到此並不算完，下面的讀者在評論中稱開啟HT技術在有些項目確實有提升，但是遊戲幀數不如關閉HT時平滑，特別是最低幀方面，並貼出了在Overclock網站的發帖，他舉了戰地3的例子，開啟HT時平均幀在84fps左右，最低幀在34-51幀左右，而關閉HT後平均幀在86fps上下，最低幀為40-59fps。他的表述也得到了很多玩家的贊同，表示遊戲中開了HT確實不如關閉時更流暢。
還有其他玩家援引Xtremesystems論壇以及Youtube上的視頻來證明自己的說法，這裡就不一一列舉了。
從自己做過的測試來看，在多線程支持較好的應用中HT效果還是很明顯的，但是遊戲跟應用程序不太一樣，它們普遍只對雙核優化，真正對四核優化的都不多，更別說開啟HT之後的8個核心了，而且遊戲幀數波動比較大，偶爾幾次的fps數據很難證明就是HT導致的。
但是從另一方面看，HT虛擬出的核心畢竟不是真的物理核心，微軟在Windows 2003的優化中肯定也是做過研究的，系統的調度器存在分配不當的可能，不過這個問題也算是解決了，今年初微軟發佈的任務調度補丁名義上是給AMD的推土機準備的，實際上則是優化了調度器的任務分配，因為推土機的模塊化架構也算是一種超線程技術，不過是物理核心，而Intel是虛擬核心。
這樣的爭議還會一直存在，而HT超線程總體上還是利大於弊，多線程應用中效果明顯，至於所說的性能降低問題，如果玩家覺得遊戲中幀數確實不夠流暢，可以試試關閉HT（前提是硬件配置沒問題，顯卡不是瓶頸），畢竟四核或者八核對遊戲來說沒區別。
